1998年秋天，普里马科夫出任叶利钦时期第5任俄罗斯联邦总理。作为自由派的经济学家在内阁中没有市场，纳比乌琳娜只好转向私营的工商银行，当上了副行长。但没过多久她就离开了工作不到一年的私营银行，成为了被称为未来总统接班人普京的经济参谋部战略研究中心副主任。在上司格列夫的领导下，纳比乌琳娜与其他高级经济学家共同制定了国家未来10年的发展战略也就是新政府的改革计划。普京于2000年当选俄罗斯总统后，格列夫被任命为俄罗斯经济发展和贸易部长，纳比乌琳娜则再次回到国家机构工作，任经济发展和贸易部副部长。恰如亚辛所说，正是从此刻起，纳比乌琳娜开始在经济政策中独立发挥作用，同时也意味着她职业生涯将展翅腾飞，这为其登上部长之位开辟了道路。在经济发展和贸易部，部长格列夫虽然为他的部下提供了政治保障，实际上几乎所有内部事物全落到了纳比乌琳娜肩上，她的工作职责远远超出了技术责任范围。期间，她与现任总统助理苏尔科夫、副总理舒瓦洛夫和德沃尔科维奇等一起起草了普京总统的国情咨文，并因此获得了总统的特别感谢奖。
2003年，纳比乌琳娜离开经济发展和贸易部回到战略研究中心，这次她出任中心主任一职。尽管无论是她的上司格列夫，还是她本人对这次调动的原因都缄口不言，但专家分析认为，实际上纳比乌琳娜此次重返战略研究中心肩负着一个重要使命，即负责普京第二次竞选总统竞选纲领的经济部分。当时也有俄罗斯媒体称，格列夫是在借助纳比乌琳娜和战略研究中心开辟经济改革的第二战线。据说，一些可能在政府各部委协调阶段遇到麻烦的项目都被计划送往战略研究中心，然后由中心直接提交总统，这样就可以绕过政府而提交国家杜马获得通过。这种安排和用心是否真的存在，我们不得而知。但从新的千年中期，纳比乌琳娜就开始从事经济前沿的攻坚工作，于2005年10月领导落实国家社会保障项目总统委员会的专家委员会，2006年领导圣彼得堡八国峰会组委会的工作。因此，她被认为是普京班底的经济改革专家和战略家，后来也顺理成章地成为总统经济问题助理。